我国资本市场起步晚、发展快，多层次资本市场体系已初具规模，但总体上还处在新兴加转轨的阶段，市场化程度有待提高。一个好的资本市场应在有效匹配资金供需、促进科技创新和产业转型以及提高经济、金融的国际竞争力方面发挥重要作用。为此，必须处理好政府与市场的关系，用好“两只手”。具体来说，凡是市场能够通过价值规律自发调节、发挥功能的都交由市场来做；政府应用好有限的监管资源，围绕建设公开透明的市场秩序、保护投资者合法权益、防范化解金融市场风险、强化事中事后查处等发挥作用。对于政府监管部门来说，推动资本市场健康发展应着力处理好以下几个关系。
简政放权与加强监管的关系。简政放权可以激发市场活力，该放的要放、该简的要简。对于以监管为主要职责的政府监管部门来说，如何处理好简政放权与加强监管的关系是必须认真研究的问题。对此，习近平同志给出了科学解答：“政府的职责是维护公开、公平、公正的市场秩序，保护投资者特别是中小投资者的合法权益，促进股市长期稳定发展，防止发生大面积恐慌。”因此，政府监管部门应把监管重心转移到依法监管上，通过对市场事中尤其是事后监管，让市场各方将规范意识和守法意识的弦绷紧，始终做到红线不越、底线不逾。
促进发展和强化规范的关系。大力发展多层次资本市场、服务实体经济的发展需要，是政府监管部门的重要任务。通过全面深化改革革除市场体制机制弊端，创新机制、产品和服务，促进市场持续健康发展，是资本市场改革发展的重要目标。但发展应以规范为基础，不能忽视规范、没有规矩。不合规范的发展不仅是没有质量的发展，而且是有害市场健康的发展。各种违背公开公平公正原则、破坏市场秩序、损害投资者特别是中小投资者利益的行为，显然与资本市场发展的目的背道而驰，必须严格监管、严厉打击，以保证资本市场持续健康发展。
遵循市场规律和适度必要干预的关系。市场发展有其自身规律，政府的不当干预会扭曲市场功能的发挥，干扰市场机制的有效运行，压抑市场主体创新发展的积极性和活力。因此，一般情况下政府不应干预市场。习近平同志指出：“股市涨跌有其自身的运行规律，一般情况下政府不干预。”然而，由于市场存在信息不对称、外部性和不正当竞争等情况，当市场自身有效性不能正常发挥时，政府就有必要适当干预。尤其是在市场无法自我调节，出现机制障碍不能恢复自身功能，比如市场出现异常波动可能引发区域性甚至系统性金融风险时，政府就必须出手，履行职责，积极适度干预，帮助市场矫正失序行为，防范金融风险发生，防止市场出现严重动荡甚至崩溃。